电子式互感器外壳与常规互感器相比，具有消除磁饱和现象、对电力系统故障响应快、消除铁磁谐振、绝缘性能优良、能适应电能计量与保护数字化发展、动态范围大、频率响应范围宽、经济型好等优点。其中不同原理的电子式互感器也具有其自身的技术特点。 由于在运电子式互感器数量有限，运行时间不长，积累的运行经验不多，设备的稳定性和可靠性较常规的互感器存在较大差距。运行期间发现存在以下问题。
1）技术不够成熟。 激光供电型电子式电流互感器高压侧电子电路较为复杂且受功能影响；磁光玻璃电流互感器存在光学传感头加工困难、测量受光功率波动的影响、小电流测量时的信噪比较低、易受环境温度的影响等；全光纤电流互感器存在光纤器件的非理想偏振特性问题、Verdet常数的补偿问题和小电流测量时的信噪比较低等问题；电子式电压互感器较电流互感器的成熟度更低，电容分压型的电子式电压互感器易外界空间杂散电容对电压分压比的影响；光学电压互感器整体方案还需深入研究，与光学电流互感器一样易受外界环境因素影响。
2）设备稳定性差。 实际运行中，电子式互感器故障率偏高、易受外部干扰出现数据异常，电子式互感器处于户外环境的高压线、隔离开关、断路器等强干扰源附近，需经受恶劣气候和不规则强电磁干扰的考验。有源式电子式互感器在高压侧含有电子电路且需要电源支持才能正常工作，但是由于目前的电子式互感器所用电子元件的电磁兼容标准偏低，抗干扰能力普遍偏低。因光学器件对温度、振动敏感导致无源电子式互感器的稳定性受温度、振动的影响。
3）入网管理不到位。 针对电子式互感器>存在试验项目和方法不完善，检验项目针对性不强；运维管理困难，电子式互感器运行设备少，时间短，目前还没有相关规程规定指导设备状态特征量获取、设备评价、维护和检修工作；运行期间故障率高，直流系统国外生产电子式互感器中，无源式电压互感器运行情况较稳定，有源式电流互感器远端模块出现故障率大，国内生产全光纤电路互感器敏感环易损坏。
4）电子式互感器运行时间短，其长期运行的稳定性、可靠性及寿命还需要经过足够长时间运行实践的检验；电子式互感器制造、验收、检修、运行管理等规程规定缺少或尚未完善，行波故障测距装置需要专门配置能提供快速采样值的采集器和合并单元，电子式互感器用于电能计量尚未得到国家有关部门的认证。